初六日至四年七月，用将近一年的时间审理此案，最后作出了禁止耶稣会士在中国传播天主教的决定。并拘审捕外省传教士30余人解京。判汤若望绞刑。由于当时北京接连五天发生地震，加之“太皇太后(顺治母后)力主开释”，汤若望才免于一死。清廷又恐传教士们仍然传教，收徒，建堂，也严加饬交继任各官防范。这就是康熙初年发生的有名的“教案”。

1666年(康熙五年)8月15日，汤若望逝于南堂，享年75岁。1669(康熙八年)9月，汤若望得到彻底昭雪，恢复“通玄教师”之名，1669年12月8日，康熙帝赐地重葬汤若望于利玛窦墓旁，御赐祭文一篇，镌刻在汤若望墓碑的反面，从“鞠躬尽瘁，恤死报勤，国之盛典”等用词足以见中国一代明君对这位来自万里之遥、莱茵河畔的德国传教士高度的评价和认同。

这场以“历法之争”为名、实则为两种不同文化较量的历案，以当时汤若望们的失败与牺牲而结束，但杨光先们所表现出的盲目排外，也使中国在后来付出了沉重的代价。

汤若望怎么死的？

汤若望是病死的。

顺治元年(1644)，清军进入北京，明亡。汤若望以其天文历法方面的学识和技能受到清廷的保护，受命继续修正历法。他用西法修订的历书被清廷定名《时宪历》，颁行天下。同年十一月，命掌钦天监事。

次年，他以《崇祯历书》为基础纂成《西洋新法历书》一百零三卷，进呈摄政王多尔衮，封太常寺少卿。八年顺治帝亲政后，先后授太仆寺卿、太常寺卿、通政使并赐号“通玄教师”(康熙帝时为避讳，改“通微教师”)。汤若望经常出入宫廷，对朝政得失多所建言，先后上奏章三百余封。顺治帝临终议立嗣皇，曾征求汤若望意见。康熙三年(1664)，杨光先在辅政大臣鳌拜等支持下，控告汤若望等传教士借修历为名，内外勾连，谋为不轨。汤若望被捕入狱，次年拟凌迟处死。不久京师地震，汤若望免死羁狱，旋获孝庄太皇太后特旨释放。

康熙五年七月十五(1666年8月15日)，病死于寓所。